Фамилия Кондаченков образована от прозвища Кондак или имени Кондак. В основе лежит слово «кондак» — так в православной церкви называют короткое песнопение (гимн) в честь праздника или святого. Кондаки исполняются на клиросе, и прозвище Кондак мог получить либо певчий, либо человек, сочинявший или переписывавший церковные тексты. В старину прозвища, данные по роду занятий, давали не всегда — иногда так просто дразнили любителя петь или того, кто часто ходил в церковь.

Модель образования фамилии Кондаченков нестандартна для русского языка. Типичный патроним (фамилия по отцу) от прозвища Кондак выглядел бы как Кондаков. Здесь же двойной суффикс: сначала -енк-, а затем -ов-. Суффикс -енк- (в форме -енко) в украинской и южнорусской традиции указывает на «сына» или «маленького»: Кондаченко — «сын Кондака» или «маленький Кондак». А затем, при переносе фамилии в великорусскую среду, к ней добавили стандартный русский суффикс -ов-, получив Кондаченков. Такая двойная обработка — признак миграции: предки носителя фамилии скорее всего пришли с Украины или из южных областей России (Белгородчина, Курщина), где бытовала форма Кондаченко, а затем, обосновавшись севернее, адаптировали фамилию под местный говор.

Само имя Кондак в древности было нецерковным, но встречалось как мирское. В святцах его нет, зато есть редкое каноническое имя Кондатий (от лат. conditus — «основанный, устроенный»). Возможно, Кондак — народная форма от Кондатия, так же как Кузьма от Космы или Савка от Саввы. Если так, то Кондаченков восходит к крестильному имени, но через бытовое сокращение, что для русских фамилий обычное дело.

Среди носителей фамилии нет широко известных исторических фигур — это фамилия крестьянского или мещанского сословия, без дворянских корней. Встречается она преимущественно в центральной России и Поволжье, с редкими вкраплениями на Урале. Есть и вариант с ударением на второй слог — Кондаченков, что характерно для южнорусского говора.