Фамилия Кондраченкова — женская форма от Кондраченков, а та, в свою очередь, принадлежит к распространённому типу восточнославянских фамилий с суффиксом -енк(ов). Этот суффикс — характерная примета украинской или южнорусской ономастики: он указывает на происхождение от лица по имени или прозвищу, причём модель «основа + -енко» в украинском языке традиционно означала «сын» или «потомок». Добавление к этой основе русского патронимического суффикса -ов дало форму Кондраченков, буквально «сын Кондраченка», то есть внук Кондрата.

В основе фамилии лежит имя Кондрат — народная, сокращённая форма канонического имени Кондратий (от латинского conditus — «устроенный, устроитель» или, по другой версии, от греческого Kodratos — «квадратный, широкоплечий»). В русских говорах имя Кондрат было очень популярно: его носили крестьяне, ремесленники, казаки. От него образовались десятки фамилий: Кондратов, Кондратьев, Кондратенко, Кондратюк, Кондрашов. Кондраченкова выделяется именно двойным суффиксом — это не просто «потомок Кондрата», а «потомок того, кто уже был назван по отцу». Такая многоступенчатая модель чаще встречалась в среде, где фамилии складывались постепенно, через отчества: сначала деда звали Кондрат, отца — Кондраченко (то есть сын Кондрата), а внука — Кондраченков (то есть сын Кондраченко).

Географически фамилия Кондраченкова и её мужской вариант Кондраченков тяготеют к регионам, где украинское влияние смешивалось с русским: это Курская, Белгородская, Воронежская области, а также Ростовская область и Краснодарский край. В документах XIX века носители фамилии часто записаны как государственные крестьяне или однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные границы. Встречается она и среди казачества, где имя Кондрат было особенно распространено (вспомним Кондрата Булавина). Таким образом, предок современной Кондраченковой, скорее всего, был вольным или служилым человеком из южнорусских чернозёмных земель, а сама фамилия хранит память о деде, которого звали Кондрат.