Фамилия Кондрачукова — женская форма фамилии Кондрачуков, а та, в свою очередь, образована от имени Кондрат (каноническая форма — Кондратий). Это имя греческого происхождения (от лат. quadratus — «квадратный», «широкоплечий»), но в русской народной среде оно давно утратило связь с исходным значением и воспринималось как чисто христианское, одно из распространённых до революции.

Словообразовательная модель здесь интереснее, чем кажется на первый взгляд. Если бы фамилия произошла напрямую от Кондрата, мы бы имели Кондратов или Кондратьев. Но основа Кондрачук — это уменьшительная или «сыновья» форма: суффикс -ук/-юк в украинской, белорусской и южнорусской традиции означает «маленький» или «сын» (ср. Иващук — сын Ивана). То есть Кондрачук — это «сын Кондрата» или «маленький Кондрат», а Кондрачуков — уже «сын Кондрачука», то есть внук Кондрата. Такой «двойной» суффикс (сначала уменьшительный, потом притяжательный) — верный признак того, что фамилия сформировалась не в центральных великорусских губерниях, а на территории, где пересекались польские, украинские и русские ономастические влияния: скорее всего, в Слобожанщине, на Курщине или в Белгородчине.

Географически фамилия Кондрачуков (и её женская форма) действительно тяготеет к юго-западным областям России и восточной Украине. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она встречается в Харьковской, Воронежской и Курской губерниях. Это не дворянская фамилия: носителями были крестьяне и мещане, реже казаки. Второй суффикс -ов указывает на то, что к моменту фиксации фамилии (XIX век) её уже «обрусели» — привели к стандартной русской модели на -ов для паспортов и переписей.

Ударение в фамилии Кондрачукова, скорее всего, падает на второй слог (Кондра́чукова), хотя в устной речи возможен вариант на третий (Кондрачу́кова) — это зависит от местной диалектной традиции. Однокоренные фамилии — Кондратов, Кондратьев, Кондрашов, Кондратюк, Кондратенко — все восходят к тому же имени, но различаются суффиксами и ареалом распространения.