Фамилия Кондракова образована от мужского имени Кондрак — уменьшительной формы канонического имени Кондратий. Само имя Кондратий восходит к латинскому прилагательному quardatus, то есть «квадратный», что в переносном смысле могло означать «статный», «ладный», «крепкий». В русской народной традиции имя Кондратий часто сокращали до Кондрат, а от него образовывали и более короткие обиходные варианты, вроде Кондрак. Фамилия на -ов/-ев типична для русской ономастики: она означает принадлежность к роду человека по имени Кондрак, то есть «сын Кондрака».

Существует и другая гипотеза, но она менее правдоподобна. Согласно ей, в основе фамилии лежит не имя, а прозвище Кондрак, которое связывают с украинским глаголом «кондричитися» — «капризничать, привередничать». Если принять эту версию, то прозвище дали человеку с непростым, своенравным характером. Однако для русской фамильной системы прозвища с таким редким глагольным корнем — исключение, а имя Кондратий было широко распространено, поэтому первая версия выглядит убедительнее.

Фамилия Кондракова — женская форма, указывающая на принадлежность к роду Кондраковых. По мужской линии она звучит как Кондраков. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов присоединился к основе Кондрак. Такие фамилии в основном носили крестьяне и мещане центральной России, Поволжья и южных регионов, где имя Кондратий было особенно популярно. Встречается фамилия и сейчас, но массовой статистики по её распространению нет — можно лишь сказать, что она не относится к числу редких.