Фамилия Кондракий — редкий случай, когда в основе лежит не крестильное имя, а его уменьшительная форма, ставшая самостоятельной фамилией. В русской ономастике обычно встречаются Кондратовы, Кондратьевы, образованные от полного имени Кондратий. Кондракий же, скорее всего, происходит от просторечного, бытового варианта того же имени — Кондра́ка. Это не просто искажение, а типичная для южнорусских и украинских говоров форма: суффикс «-ак» придавал имени оттенок простонародности или принадлежности к определённой среде (сравните: Ждан — Ждака, Петр — Петрак). Таким образом, фамилия Кондракий буквально означает «сын Кондраки» или «человек из рода Кондраки».

Словообразовательная модель здесь необычна. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на «-ов/-ев» или «-ин», Кондракий застыла в форме именительного падежа. Это характерно для фамилий украинского или белорусского происхождения, где прозвище или имя отца не переоформлялось притяжательным суффиксом. Носитель фамилии мог быть записан в ревизские сказки просто по прозвищу — Кондракий, и оно закрепилось за потомками без изменений. Такие фамилии встречаются реже и часто указывают на регион бытования: Черниговщина, Полтавщина, южные области России.

Само имя Кондратий (от латинского quattuor — «четыре») в народной традиции нередко связывали с кондрашкой — устаревшим названием внезапного удара или паралича. Однако это ошибочная народная этимология: медицинский термин появился позже и не имеет отношения к имени. Предки человека с фамилией Кондракий могли быть крестьянами, казаками или мещанами, но сословная принадлежность по одной фамилии не определяется — слишком редкая и локальная форма.

Географически фамилия тяготеет к юго-западу: в дореволюционных метрических книгах Кондракие встречаются в Харьковской, Екатеринославской губерниях, а также среди запорожских казаков. В современной России она остаётся малочисленной — не входит даже в первую тысячу распространённых фамилий. Единственное, что можно сказать наверняка: человек по фамилии Кондракий — носитель уникального следа живой народной речи, сохранившегося в официальном документе.