Фамилия Кондрацкий образована от имени Кондратий, которое восходит к латинскому «quadratus» — «четырехугольный» или «широкоплечий». В русской традиции имя закрепилось через церковное почитание святых, а в бытовой речи дало множество производных форм. Кондрацкий — одна из них, и её суффикс «-цк-» указывает на польское или западнорусское происхождение. Такая модель типична для шляхетских фамилий Речи Посполитой: окончание «-ский» (или «-цкий») первоначально означало принадлежность к местности или роду, а позже стало маркером дворянского сословия. Поэтому Кондрацкие могли быть потомками мелкой шляхты, владевшей землёй в местечке вроде Кондраты или Кондратово — такие топонимы встречаются на территории современной Украины, Беларуси и восточной Польши.

Процесс формирования фамилий был долгим, и окончательно определить точное место и время возникновения рода Кондрацких можно лишь на основе глубоких генеалогических изысканий. Однако ясно, что в основе лежит не прозвище, а крестильное имя, а географическая привязка через суффикс «-цкий» говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, были не крестьянами, а людьми служилыми или землевладельцами. Если сравнить с однокоренными фамилиями — Кондратов, Кондратьев, Кондратенко, — то Кондрацкий стоит особняком: он не указывает на отчество или профессию, а прямо называет место, откуда пошёл род. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия встречается среди православного и униатского населения Волыни, Подолья и Гродненской губернии, что подтверждает её западнорусские корни.