Фамилия Кондратий — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище и не профессия, а полное каноническое имя. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ев или -ин (Кондратов, Кондратьев), здесь имя Кондратий перешло в фамилию без изменений, в чистой форме. Такая модель встречается в основном у потомков духовенства, где при переписи или в семинарии фамилию могли дать прямо по имени отца, не добавляя суффикса принадлежности. Реже так закреплялось за человеком, которого всю жизнь звали только по имени — например, в однодворческих или казачьих слободах, где фамилии ещё не устоялись.

Имя Кондратий — это русская народная форма от латинского Condratus, которое восходит к римскому когномену Condratus («квадратный», «плотный», «коренастый»). В христианский обиход оно вошло через святого Кондрата Апостола, почитаемого в православии. На русской почве имя обросло уменьшительными вариантами: Кондрашка, Кондрат, отсюда и фамилии Кондратов, Кондрашкин, Кондратенко. Но сама фамилия Кондратий — архаичная, без суффиксальной переработки.

Из-за своей формы она почти не встречается за пределами центральной России и Поволжья. В переписных книгах XVII–XVIII веков носители фамилии Кондратий фиксируются в среде посадских людей и церковнослужителей, особенно в Костромской и Ярославской губерниях. Один из возможных путей её возникновения — запись в метрической книге: сына священника Кондратия записывали просто «Кондратий», и это закреплялось как родовое имя.

С точки зрения ударения фамилия сохраняет ударение исходного имени — на последний слог (Кондра́тий). В бытовой речи её иногда путают с украинской фамилией Кондратюк или польской Kondracki, но по модели образования она стоит особняком: это не «чей-то» (сын Кондрата), а сам Кондратий в роли фамилии.