Фамилия Кондратко — один из ярких примеров того, как в русской ономастике работала модель «имя отца + суффикс принадлежности». В основе лежит имя Кондрат — краткая, обиходная форма полного крестильного имени Кондратий. Суффикс -ко в данном случае выполняет не уменьшительную, а патронимическую функцию: он буквально указывал на «сына Кондрата». Такая словообразовательная модель была особенно характерна для южнорусских и украинских земель, где суффикс -ко активно вытеснял великорусские окончания -ов и -ин. Поэтому фамилия Кондратко географически тяготеет к регионам современной Украины, Беларуси и юга России.

Сам корень восходит к латинскому имени Кондратий (от лат. conditus — «устроенный, основанный»), которое в народе переосмысливалось и часто связывалось с глаголом «кондратить» — так в некоторых говорах называли внезапный удар или паралич. Впрочем, для фамилии эта коннотация вторична: основным значением остаётся прямое указание на отчество.

В отличие от фамилий типа Кондратьев или Кондрашин, где суффиксы -ев и -ин также обозначают принадлежность, форма Кондратко встречается реже и сохраняет более архаичный, диалектный оттенок. В документах XVII–XVIII веков можно встретить запись «Кондратко» не как фамилию, а как прозвище или полуотчество — например, в реестрах запорожских казаков. Со временем форма застыла и стала передаваться по наследству уже как фамилия.

Если говорить о социальном контексте, то носители фамилии Кондратко в большинстве своём происходили из крестьянской или казачьей среды. Дворянских родов с такой фамилией почти не зафиксировано — это ещё раз подтверждает её «низовое» происхождение, от отчества без прибавления сословного суффикса.