Фамилия Кондратенко построена по одной из самых распространённых моделей украинской антропонимии — с суффиксом -енко, который в буквальном смысле означал «сын» или «потомок». Таким образом, Кондратенко — это «сын Кондратия». Основа фамилии — каноническое мужское имя Кондратий, а его происхождение обычно возводят к латинскому прилагательному quadratus, то есть «квадратный», «четырехугольный». В переносном смысле это слово могло означать «широкоплечий», «складный» или «статный» человек.

В украинской традиции фамилии на -енко были типичны для казацкой старшины, мещан и крестьян Поднепровья, особенно на территории современной Черкасской, Полтавской и Киевской областей. Именно оттуда, скорее всего, родом и первые носители фамилии Кондратенко. В русском языке эта фамилия не меняет окончания при склонении (как и большинство украинских фамилий на -ко), и это одна из её характерных особенностей.

Интересно, что имя Кондратий в народе часто сокращали до Кондрат, поэтому в основе фамилии могла лежать и эта краткая форма. В славянской среде имя было известно с принятием христианства, а фамилии на -енко начали массово оформляться в XVI–XVII веках. Таким образом, род Кондратенко уходит корнями в эпоху формирования реестрового казачества и украинской шляхты.

Среди однокоренных фамилий — Кондратов, Кондратьев, Кондратюк, Кондрашевский. Все они образованы от того же имени, но разными суффиксами: -ов, -юк, -ев. Фамилия Кондратенко встречается не только в Украине, но и в южных регионах России, на Кубани и Дону, куда переселялись черноморские казаки.