Фамилия Кондракукин встречается нечасто, но её происхождение прозрачно и укладывается в одну из самых распространённых словообразовательных моделей русских фамилий. В основе лежит крестильное имя Кондрат (разговорная форма от Кондратий, которое восходит к латинскому conditus — «устроенный, устроитель»). Однако внимание привлекает не столько корень, сколько суффиксальная цепочка: -ук- и -ин.

Модель «основа на -ук + -ин» — редкий гибрид. Суффикс -ук- в русских фамилиях чаще всего указывает на западнорусское или украинское влияние (ср. Кондратюк, Иващук). Он обозначал потомка или человека, связанного с носителем имени: Кондратук — сын или ученик Кондрата. Затем к этой уже готовой основе «Кондратук» добавили русский притяжательный суффикс -ин, который в восточнославянской традиции отвечал на вопрос «чей?». Так появился Кондратукин — «чей? — сын Кондратука». Со временем безударное «у» в разговорной речи могло перейти в «а» (явление аканья), и фамилия закрепилась в форме Кондракукин. То есть это не «сын Кондрата» напрямую, а «сын того, кого звали Кондратук».

Географически фамилия тяготеет к зоне контакта великорусских и малорусских говоров — южные области России, Курская, Белгородская, Воронежская губернии, а также приграничные районы Украины. Там двойная суффиксация встречалась у крестьян и мещан, чьи предки носили прозвище или фамилию на -ук, а при переписи или переходе в другое сословие получили русское окончание.

Интересно, что фамилия Кондракукин почти не встречается в старых дворянских родословных книгах — это однозначно фамилия позднего происхождения, скорее всего, конца XVIII — XIX века, когда активно шёл процесс закрепления фамилий за бывшими государственными крестьянами. Носители такой фамилии вряд ли были знатны, но могли быть ремесленниками, однодворцами или вольными хлебопашцами. Ударение, судя по живой речи, падает на последний слог: Кондраку́кин.