Фамилия Кондраков образована от имени или прозвища Кондрак. Самая прямая и распространённая версия: Кондрак — это уменьшительная форма имени Кондратий. Само имя Кондратий восходит к латинскому quardatus, что означает «широкоплечий» или «квадратный». Получается, что в основе фамилии лежит характеристика внешности: предок мог быть плотным, коренастым человеком.

Есть и другая гипотеза, но она менее правдоподобна. Согласно ей, Кондрак — это прозвище, образованное от украинского глагола «кондричитися» — «капризничать, привередничать». Если принять эту версию, то основатель рода Кондраковых был человеком с непростым, капризным характером. Однако стоит заметить, что прозвища по характеру встречаются реже, чем бытовые или образованные от имён, поэтому версия с именем Кондратий выглядит надёжнее.

Фамилия построена по стандартной для русской ономастики модели: к основе Кондрак добавили патронимический суффикс -ов. Это значит, что фамилия буквально отвечала на вопрос «чей?» — то есть «сын Кондрака». Со временем потомки человека по имени или прозвищу Кондрак закрепили за собой фамилию Кондраковы.

Интересно, что фамилия Кондраков — не единственная в этом ряду. Однокоренные Кондратьев, Кондрашов, Кондратюк образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Кондраков стоит ближе к разговорной, «домашней» форме имени, что может указывать на простое происхождение рода — скорее всего, крестьянское или мещанское. В дворянской среде чаще использовали полную форму имени, поэтому фамилия Кондраков в основном бытовала среди непривилегированных сословий.