Фамилия Кондраьюкова — редкий вариант на -юков, образованный от имени Кондрат или Кондратий. В основе лежит каноническое имя Кодрат (от латинского quadratus — «четвероугольный», «квадратный»), которое в народной русской традиции превратилось в Кондрата, а затем в Кондратия. Суффикс -юк (-ук) характерен для украинской, белорусской и южнорусской ономастики и обозначает «потомка», «сына» или «младшего родственника». Таким образом, Кондраьюк — это «сын Кондрата» или «маленький Кондрат», а фамилия Кондраьюкова — женская форма от этой патронимической основы.

Важно не путать эту фамилию с более распространённой Кондратюковой. Разница в суффиксе: -юков вместо -юков (второй вариант образован от той же основы, но с другим патронимическим окончанием). Встречается Кондраьюкова значительно реже, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, в западных или южных регионах России, на границе с Украиной, где такие формы были в ходу. В документах XVII–XVIII веков фамилии на -юк встречаются у казаков и крестьян Черниговщины, Полтавщины и Слобожанщины.

Происхождение прозвища или имени Кондрат неоднозначно. Помимо церковной версии, в народе имя связывали с глаголом «кондратить» — в некоторых говорах так называли человека упрямого, несговорчивого или, наоборот, того, кто «кондратит» — делает всё наперекор. Впрочем, это скорее народная этимология: основная масса носителей фамилии получила её от отца по имени Кондрат, без связи с характером.

Сословная принадлежность предков Кондраьюковых не прослеживается по одной фамилии, но по модели образования можно предположить, что это крестьянская или казачья фамилия. Дворянские роды с таким окончанием встречаются редко, обычно у них суффикс -ов или -ский. Если в роду сохранились предания о происхождении, стоит искать в метрических книгах южных губерний — Курской, Воронежской, Харьковской или в записях запорожского казачества.