Фамилия Кондинкин образована по классической русской модели от имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Кондинка — жена Кондинки или дочь Кондинки, а Кондинкин, соответственно, «тот, кто из семьи Кондинкиных». Основа фамилии — Кондинк(а), где корень «Конд-» может восходить либо к географическому названию, либо к прозвищу.

Самая вероятная версия связывает фамилию с рекой Конда в Западной Сибири (приток Иртыша) или с населёнными пунктами вроде Кондинское. В таком случае Кондинка — прозвище человека, пришедшего с Конды или жившего на её берегах. Для русских фамилий, особенно сибирских, характерно образование от названий рек и поселений: ср. Иртышов, Обский, Тобольцев. Однако суффикс -к(а) в основе (Кондинка) встречается реже, чем прямое прилагательное (Кондинский), что может указывать на прозвищное, а не формально-адресное происхождение.

Другая гипотеза — от прозвища Конда, которое в северных говорах могло означать «сухой, жилистый человек» или «упрямец» (ср. кондовый — прочный, крепкий, но в переносном смысле — «кондовый мужик»). В таком случае Кондинка — уменьшительная форма, а сама фамилия возникла как отчество: «чей? — Кондинкин». Эта версия объясняет, почему в основе не топоним, а личное прозвище.

Фамилия редкая, не распространена широко. Встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает обе версии: переселенцы с севера или из Сибири могли принести с собой прозвище, а топоним Конда известен именно в сибирском регионе. Правописание устойчивое, без вариантов вроде Конденькин или Кондинькин, что говорит о недавнем закреплении фамилии (не ранее XVIII века), когда письменная фиксация уже была единообразной.