Фамилия Кондояниди — характерный пример греческой фамилии, образованной по патронимической модели с суффиксом -иди (-ίδης). Этот суффикс в греческом языке указывает на происхождение или принадлежность к роду, буквально означая «сын такого-то» или «потомок». Таким образом, основа фамилии — личное имя или прозвище Кондояни (Κοντογιάννης), которое состоит из двух частей: κοντο- (кондо) — «короткий» или «маленький» и Γιάννης (Яннис) — греческая форма имени Иван (Иоанн). Получается, что Кондоянис — это «короткий Яннис» или «маленький Иван», прозвище, данное человеку невысокого роста или младшему в семье по имени Яннис. Соответственно, фамилия Кондояниди означает «потомок (сын) Кондояниса».

Греческие фамилии на -иди (в русской передаче часто -иди или -ди) широко распространены среди понтийских греков — выходцев из исторической области Понт на южном побережье Чёрного моря (территория современной Турции). После трагических событий начала XX века и обмена населением между Грецией и Турцией многие понтийские греки оказались на территории бывшей Российской империи, в частности в Грузии, на Кубани, в Крыму и на юге Украины. Именно поэтому фамилия Кондояниди встречается в России, Украине и странах Закавказья, а не в Греции, где более типичны фамилии на -пулос или -акис.

Интересно, что в греческом языке слово «кондо» (κοντό) имеет также значение «близкий» или «рядом», что даёт альтернативную, менее вероятную версию: «близкий к Яннису» (например, сосед или родственник). Однако в контексте традиционных греческих прозвищ первое значение — «короткий» — встречается чаще и является более правдоподобным. В русской среде фамилия могла подвергнуться адаптации: ударение, скорее всего, падает на последний слог — Кондояниди́, как это свойственно многим заимствованным фамилиям с конечным -и. Род занятий первых носителей фамилии, как и у большинства греческих переселенцев, был связан с торговлей, ремеслом или земледелием, но точных данных об этом нет.