Фамилия Кондратькова — это женская форма от фамилии Кондратьков, а та, в свою очередь, образована от полного имени Кондратий (или его просторечной формы Кондрат). В основе лежит каноническое имя Кодрат (от латинского quadratus — «квадратный», «четырехугольный»), которое в русском быту обросло народными вариантами. Строение фамилии простое: корень «Кондрат-» плюс притяжательный суффикс «-ьк-» и фамильный «-ов». Суффикс «-ьк-» здесь указывает на уменьшительную или обиходную форму имени — то есть Кондратьков буквально значит «сын Кондратки» (маленького Кондрата).

В отличие от более распространенных фамилий на «-ов», вариант с «-ьков» встречается реже и несет оттенок неофициальности, как бы закрепляя домашнее, семейное прозвище. Если бы предка звали просто Кондратом, его потомки стали бы Кондратовыми. Но если в основе лежало уменьшительное Кондратка (так могли называть младшего в семье или просто ласково), то и фамилия вышла Кондратьков. Такая модель (имя + -ка + -ов) типична для северных и центральных губерний России, где любили «окать» и использовать уменьшительные суффиксы в фамилиях.

Географически фамилия Кондратьков (и ее женская форма) тяготеет к Тверской, Ярославской, Вологодской областям — регионам, где имя Кондратий было в ходу у крестьян и посадских людей. В дворянской среде эта фамилия почти не встречалась: слишком «мужицкий» суффикс, да и имя Кондрат в XVIII–XIX веках считалось простонародным. Носительницы фамилии Кондратькова, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где предка звали не иначе как Кондраткой.

С точки зрения ударения, в фамилии оно падает на второй слог (Кондра́тькова), что типично для отчеств на «-ович» и фамилий на «-ов». Иногда в быту смещают ударение на последний слог, но это диалектное влияние, не закрепленное в официальном произношении.