Фамилия Кондратовы — одна из тех, что образованы напрямую от полной формы крестильного имени, без уменьшительных или пренебрежительных суффиксов. В её основе лежит каноническое имя Кондратий, которое в русских святцах закрепилось через греческое посредничество, но корнями уходит в латынь. Латинское «quadratus» означает «четырёхугольный» или, в переносном смысле, «широкоплечий», «квадратный» — так в античности могли охарактеризовать человека плотного, крепкого телосложения.

Модель образования здесь простейшая и самая массовая для русских фамилий: суффикс -ов присоединяется к основе имени, отвечая на вопрос «чей?». Кондратов — буквально «сын Кондратия», «принадлежащий Кондратию». В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), форма на -ов типична для имён, оканчивающихся на твёрдый согласный, что и дало «Кондрат-ов», а не «Кондрать-ев» (хотя фамилия Кондратьев существует как параллельный вариант, от той же основы, но через форму «Кондратий»).

Географически фамилия Кондратовы не привязана к одной узкой области — она встречается повсеместно, где бытовало имя Кондратий. Однако стоит заметить, что в южнорусских и украинских говорах имя часто сокращалось до Кондрат, что дало фамилию Кондратенко, а на севере и в Сибири — Кондратов. О точном времени возникновения говорить сложно: процесс шёл несколько столетий, но массовое закрепление фамилий у крестьян завершилось лишь к концу XIX века. Поэтому носитель фамилии Кондратовы может быть потомком как боярского сына XVII века, так и крепостного, получившего фамилию при переписи.