Фамилия Кондручина — женская форма от Кондручин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Кондруча. В основе лежит корень «кондр-», который в русских говорах имел несколько значений. Чаще всего «кондря» или «кондра» — прозвище угрюмого, сурового, неуживчивого человека. В некоторых диалектах «кондрой» называли также человека с грубой, жесткой речью, «кондового» — старого, крепкого, но негибкого. Однако есть и другая, более прозаичная версия: в ряде областей «кондруча» могло быть уменьшительным от «кондрат» — народной формы имени Кондратий. Тогда фамилия Кондручин — это вариант отчества от Кондратий, как Кондратьев, но через более простую, «домашнюю» форму имени.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Кондручин, то есть сын Кондручи. Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках. Фамилии на «-ин» чаще всего образовывались от имен или прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Таким образом, родоначальник Кондручиных мог быть либо суровым крестьянином, получившим прозвище за характер, либо просто сыном Кондратия, которого в быту звали Кондручей.

Географически фамилия Кондручина встречается не повсеместно. Её очаги — южнорусские и центральные области: Курская, Белгородская, Воронежская, а также Поволжье. Встречается она и в Беларуси, где «кондруча» могло быть вариантом прозвища с тем же значением. Важный нюанс: в белорусском языке есть слово «кондры» — ссора, раздор, что также могло породить прозвище сварливого человека.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Кондру́чина. Такое ударение характерно для фамилий, образованных от форм с ударным «у» (Кондру́ча). В редких случаях, под влиянием говоров, может встречаться ударение на последний слог — Кондручина́, но это нетипично.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Кондрушин, Кондрушов, Кондрухин) показывает, что все они — варианты одной модели, различающиеся суффиксами. Кондручина — одна из наименее распространённых форм, что делает её более локальной и уникальной. В отличие от массовых фамилий вроде Кондратьев, Кондручина сохраняет след именно прозвищного, а не канонического имени происхождения.