Фамилия Кондрухин образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Кондрухи. Основа здесь — прозвище или обиходная форма крестильного имени Кондратий (от латинского conditus — «устроенный», «созданный»). В народной речи имя Кондратий сокращали до Кондруша, а далее по законам русской фонетики «ш» перед суффиксом -ин могло перейти в «х»: Кондруха. Таким образом, Кондрухин — это «потомок Кондрухи», то есть человека, которого в быту звали уменьшительно Кондратом.

Интересно, что фамилия Кондрухин имеет несколько региональных «двойников», различающихся суффиксальным оформлением. Те же корни, но с другим способом притяжательности дали фамилии Кондрухов (с суффиксом -ов) и Кондрахин (от формы Кондраха). Сравнение с ними показывает, что вариант на -ин типичен для северных и центральных областей России, где фамилии от прозвищ на -а/-я чаще получали именно этот суффикс.

Поскольку фамилия недворянская (нет окончания -ский), она, скорее всего, принадлежала крестьянам или посадским людям. Прозвище Кондруха могло закрепиться за человеком не только по имени отца, но и как самостоятельное уличное имя. В документах XVI–XVII веков встречаются записи крестьян с именем Кондруха, например, в писцовых книгах Новгородской земли. Это подтверждает, что фамилия бытовала в среде свободных земледельцев и ремесленников, а не в высших сословиях.

В современной России фамилия Кондрухин встречается нечасто, но устойчиво — в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно указывает на миграционные потоки из центральных областей в XVII–XVIII веках. Встречаются и единичные случаи написания через «о» — Кондрухин, но это скорее орфографическая ошибка, так как ударение падает на второй слог: Кондрýхин.