Фамилия Кондрухова — женская форма фамилии Кондрухов. Её основа, скорее всего, связана с прозвищем или именем, образованным от слова «кондрух». В русских говорах так называли человека, который занимался изготовлением или продажей кондрухов — старинных головных уборов, разновидности шапки-ушанки. Слово это, в свою очередь, восходит к тюркскому «кондура» — меховая шапка. Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть скорняком, шапочником или просто человеком, который носил такую шапку, и это стало его уличным прозвищем.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для русских фамилий: суффикс -ов- присоединился к основе «Кондрух», указывая на принадлежность («чей?» — сын Кондруха). Важно, что в основе стоит не имя Кондрат (от Кондратий), а именно прозвищное «Кондрух». Хотя народные формы имени Кондрат — Кондрушка, Кондря — тоже могли дать похожие фамилии, в случае с Кондруховым решающую роль играет конкретное значение слова «кондрух». Если бы фамилия происходила от Кондратия, мы бы чаще встречали вариант Кондратов или Кондратьев. Кондрухов — более редкий и конкретный случай, привязанный к ремеслу или предмету одежды.

Географически фамилия Кондрухов встречается не повсеместно. Основной ареал — юг России, особенно Ростовская область, Краснодарский и Ставропольский края, а также Волгоградская область. Там, где казачьи традиции и тюркские заимствования в языке были сильнее, подобные прозвища приживались лучше. Встречается фамилия и на Украине, в Днепропетровской и Харьковской областях, что подтверждает её связь с южнорусскими и украинскими говорами.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться и через «а» — Кондрахов, что отражало акающее произношение. Однако вариант с «у» более устойчив и прямо указывает на исходное слово «кондрух». Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, и казаки. Но, судя по географии и основе, подавляющее большинство Кондруховых — потомки сельских ремесленников или казаков, чьи прозвища закрепились в документах после отмены крепостного права или при переписях.