Фамилия Кондрушина образована от имени Кондруша — народной, обиходной формы крестильного имени Кондратий. Само имя Кондратий (от латинского conditus — «устроенный», «сложенный») в России было распространено во всех слоях общества, но именно уменьшительная форма Кондруша чаще бытовала в простонародной среде. Поэтому основатель рода Кондрушиных, скорее всего, принадлежал к крестьянскому или мещанскому сословию: в документах XVII–XVIII веков такие «полуимена» фиксировали за тяглыми людьми, реже — за служилыми.

Словообразовательная модель здесь проста и типична для восточнославянских фамилий: к основе Кондруш- добавлен суффикс притяжательности -ин, указывающий на принадлежность «сыну Кондруши» или «вдове Кондруши». По этой же схеме сложились фамилии Ванин, Петин, Сашин. Форма на -ина — женский вариант от мужской фамилии Кондрушин, закрепившийся в документах независимо от пола носителя (в русской традиции фамилия склоняется по родам, но исходной считается мужская).

Географически фамилия Кондрушин/Кондрушина тяготеет к центральным и южнорусским областям — Тамбовской, Воронежской, Рязанской, а также к Поволжью. Это косвенно подтверждает аграрное происхождение: именно в этих регионах имя Кондратий и его производные встречались особенно часто. Встречаются и варианты написания — Кондрюшин, Кондрушов, но Кондрушина остаётся самой устойчивой формой.

В отличие от фамилий на -ский (дворянских или семинарских), Кондрушина — типично «земская» фамилия, без сословного налёта. Её носители, вероятно, были крестьянами, ремесленниками или однодворцами. Спорных версий у фамилии нет: корень прозрачный, суффикс стандартный, связь с именем Кондратий не вызывает сомнений. Единственное, что можно добавить — в некоторых говорах Кондрушей могли называть не только Кондратия, но и человека с характерной манерой ходить («кондрять» — идти вразвалку), но это предположение уступает основной версии по вероятности.