Фамилия Кондрушенко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской и белорусской традиции означает «сын» или «потомок». Поэтому Кондрушенко буквально понималось как «сын Кондруша». Кондруш — производная, уменьшительная форма крестильного имени Кондратий. Само имя Кондратий (церковная форма Кодрат, народная Кондрат) восходит к латинскому «quadratus» — «четырехугольный», «широкоплечий». В переносном смысле имя указывало на крепкое, коренастое телосложение.

Суффикс -енко характерен прежде всего для Поднепровья, Левобережной Украины и южных русских земель, куда фамилии такого типа пришли вместе с переселенцами. Кондрушенко, скорее всего, закрепилась именно в этой среде, а не в северных или центральных регионах, где преобладали фамилии на -ов/-ев. Редкость фамилии подчёркивает её локальный характер: она не разошлась широко, а осталась в пределах одного или нескольких родов.

Словообразовательная цепочка выглядит так: Кондрат → Кондруш (ласкательная форма) → Кондрушенко. Аналогичные фамилии — Кондрушов, Кондрушевский, Кондратенко — показывают, что имя Кондратий дало много разных вариантов, но именно форма с -уш- встречается реже. Таким образом, предок современного носителя фамилии был человеком, которого в быту звали Кондруш, а его дети пошли по фамилии от этого прозвища-имени.