Фамилия Кондураки — нечастая и явно не славянская по происхождению. Её выдают суффикс и окончание: -аки характерно для греческих фамилий, особенно тех, что попали в русский язык через южные регионы — Крым, Приазовье, Новороссию. В греческом языке суффикс -акис (-άκης) образует уменьшительные или патронимические формы, то есть «маленький» или «сын такого-то». В русской передаче конечное -с часто отпадало, и фамилия закрепилась как Кондураки, а не Кондуракис.

Основа Кондур- восходит к греческому прозвищу или имени. Самая вероятная версия — от слова κοντούρα (кондура), что означает «короткий хвост» или «куцый». В диалектах так могли прозвать человека с какой-то заметной особенностью — например, низкорослого, или того, кто носил короткую одежду. Менее распространённое объяснение связывает основу с греческим κόνδορας (кондорас) — «кондор», но для прозвища это маловероятно: птица нехарактерна для греческого ареала. В ономастике известен и греческий топоним Кондура (Κοντούρα) — деревня на Пелопоннесе, от которого тоже могла пойти фамилия, указывающая на выходца из этого места.

В Российской империи носители фамилии Кондураки встречались прежде всего среди греческих переселенцев, основавших в XVIII–XIX веках колонии в Мариупольском уезде и Крыму. Греки Приазовья принесли с собой множество фамилий на -аки: Джиджираки, Хаджидаки, Карамани и другие. Кондураки — одна из них, и её обладатели, скорее всего, были потомками либо ремесленников, либо крестьян, либо мелких торговцев, получивших прозвище по внешнему виду или месту.

С точки зрения словообразования фамилия не имеет ничего общего с русскими фамилиями на -ов или -ин. Она стоит особняком и легко опознаётся как греческая. Если искать однокоренные варианты, то в той же греческой среде встречаются Кондуракис, Кондурас, Кондуроглу — все с той же основой, но разными суффиксами, указывающими на происхождение или родство.

Таким образом, фамилия Кондураки — греческая по корню и модели, с прозрачной этимологией, связанной с прозвищем «куцый» или «короткохвостый», и географически привязанная к южным греческим колониям России.