Фамилия Конеченкова — женская форма фамилии Конеченков, и в ней скрыт редкий для русского ономастикона случай: основа происходит не от имени или профессии, а от географического названия с яркой диалектной окраской. Суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть исходно Конеченков — это «сын Конеченка» или «человек из рода Конеченко». Но здесь важно, что само прозвище Конеченко, скорее всего, образовано от названия населённого пункта.

Вероятнее всего, в основе лежит топоним Конечное или Конеченка. В России и на Украине таких названий много: деревни Конечное есть в Архангельской, Вологодской, Тверской областях, а село Конеченка встречается в Черниговской области. Название происходит от слова «конец» — окраина, край поселения. Человек, живший «на конце» деревни, мог получить прозвище Конеченко (с украинским уменьшительным суффиксом -енко), а его потомки стали Конеченковыми. Это типичная модель для фамилий, возникших на стыке русской и украинской традиций: суффикс -енко (характерный для украинских фамилий) «обрусел» с помощью русского -ов.

Менее вероятная, но возможная версия — отчество от прозвища Конец, которое давали последнему ребёнку в семье или человеку, жившему на краю села. Однако тогда форма была бы Конечков, а не Конеченков. Суффикс -енко здесь указывает именно на уменьшительно-ласкательное или «младшее» значение — не просто «Конец», а «маленький Конец» или «сын Конца».

С географической точки зрения фамилия Конеченков (и Конеченкова) встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также в Белгородской и Курской областях — как раз на границе с Украиной, где смешивались языковые и фамильные модели. В дореволюционных списках она не принадлежала дворянству или духовенству, а бытовала в среде крестьян и мещан. Среди известных носителей стоит отметить разве что советского партийного деятеля и дипломата Ивана Конеченкова, но в целом фамилия остаётся редкой и локальной.