Фамилия Конеко — редкий случай в русском ономастиконе, где японское звучание обманчиво. Вопреки ожиданиям, это не фамилия с островов, а исконно русская, хотя и нечастая. Её основа — прозвище Конько или Конец, которое в северных и сибирских говорах давали человеку с особым отношением к лошадям: конокраду, барышнику, табунщику или тому, кто «конем промышлял». Суффикс -ко в украинской, белорусской и южнорусской традиции указывал на лицо (ср. Шевченко, Лысенко), но в этом случае он мог быть и уменьшительным: «конёк» — не только животное, но и прозвище маленького, вертлявого человека.

Интереснее география. Фамилия Конеко встречается в двух несвязанных ареалах: на западе, в Смоленской и Брянской областях (где -ко — типичный западнорусский суффикс), и на востоке, у сибирских казаков. В Сибири «конёк» — деталь кровли, и прозвище могли дать плотнику, мастеру по резным конькам. Вторая версия, менее вероятная, — отчество от прозвища Конец (крайний дом в деревне, «живущий на конце»), но тогда форма была бы Концов или Концев, а не Конеко.

Унбегаун в «Русских фамилиях» не упоминает Конеко, но разбирает модель на -ко как характерную для украинской и белорусской ономастики, проникшую в южнорусские говоры. В данном случае суффикс мог закрепиться в фамилии из-за диалектного произношения: в некоторых регионах «Конько» через палатализацию дало «Конеко». Правдоподобнее всего, что фамилия — русская по корню, но оформленная по малороссийской модели, что указывает на пограничные земли или переселенцев.

Главное отличие Конеко от однокоренных Конев, Коньков, Коняев — в суффиксе, который не просто указывает на принадлежность, а сохраняет форму прозвища в именительном падеже. Такие фамилии часто оставались у казаков или однодворцев, где фиксация прозвища была прямее, чем у крепостных. Встречаемость фамилии крайне низкая: по открытым базам данных, в России её носят не более нескольких сотен человек, сосредоточенных в Смоленской области и Красноярском крае. Японское звучание — случайное совпадение: корень «конэ» (子猫 — котёнок) там пишется иначе и к русской фамилии отношения не имеет.