Фамилия Кононенкова — это женская форма от мужской фамилии Кононенков, и в её основе лежит редкая модель образования. В отличие от более привычных фамилий на -ов/-ев (Иванов, Петров), здесь мы видим суффикс -енков, характерный для южных и восточных регионов России, особенно для Курской, Орловской, Воронежской областей, а также для Украины. Этот суффикс — уменьшительно-патронимический: он указывает на «сына Конона», но в более ласковой или разговорной форме, чем просто Кононов.

Корень фамилии — каноническое мужское имя Конон. Имя это греческого происхождения, от слова «конос» — конус, но в античной традиции оно ассоциировалось с понятием «трудящийся» или «деятельный». В святцах имя Конон встречается редко, но почитается: известны святые Конон Исаврийский и Конон Мандский. В русских деревнях имя давали нечасто, поэтому фамилии от него — штучный товар, что делает Кононенковых носителями относительно редкого родового имени.

По модели образования Кононенков стоит в одном ряду с фамилиями вроде Ивашенков, Петренков, Федосенков. Если бы фамилия закрепилась в более северных регионах, она звучала бы как Кононов, но суффикс -енков выдаёт миграцию имени на юг, где в XVI–XVII веках активно складывались фамилии по украинскому образцу. Сама фамилия Кононенкова (женская форма) появилась позже, когда в официальных документах стали фиксировать и женщин — обычно в метрических книгах или ревизских сказках XIX века.

Интересная деталь: в некоторых говорах имя Конон произносили с ударением на второй слог — Коно́н, что могло повлиять на ударение в фамилии (Коно́ненков). Встречаются варианты написания через «а» — Каноненков, что связано с аканьем в южнорусских говорах. Так что предки современной Кононенковой — скорее всего, крестьяне или однодворцы из чернозёмной полосы, носившие редкое имя Конон, которое и закрепилось за их родом в уменьшительной форме.