Фамилия Кононе — одна из тех фамилий, где основа прозрачна, а вот суффикс заставляет задуматься. В её основе лежит мужское имя Конон, которое пришло на Русь из греческого языка и означало «трудящийся» или «трудолюбивый». Имя это было хорошо известно на Руси благодаря христианской традиции: в святцах числится сразу несколько святых с этим именем — преподобный Конон Пентукльский (память 4 марта), мученик Конон Исаврийский (18 марта), преподобномученик Конон с сыном (19 марта) и мученик Конон Римлянин (18 июня). В народе верили, что имя защищает человека: названный в честь святого получает незримую поддержку, и жизненные трудности ему даются легче.

Если бы фамилия образовалась по самому частотному русскому образцу, мы бы имели дело с Кононовым — то есть «сыном Конона». Но здесь мы видим финаль -е, и это меняет картину. Такое окончание характерно для украинской или белорусской традиции, где фамилии часто оформлялись без типичного русского суффикса -ов. Кононе — это фактически застывшая форма имени в звательном или именительном падеже, которая прямо указывала на предка: «Конон» или, при украинском произношении, «Кононе». Встречается и вариант Кононенко (с патронимическим суффиксом -енко), но Кононе — более редкая и компактная модель.

Носитель такой фамилии — почти наверняка потомок человека по имени Конон. Это имя было распространено в крестьянской и духовной среде, но никогда не входило в число самых частых, поэтому и фамилия встречается не повсеместно, а локально. Скорее всего, её географический центр — западные или южные регионы бывшей Российской империи, где украинская модель фамилий на -е была нормой.