Фамилия Кононеко звучит как украинская, но её основа выдает имя греческого происхождения. В её основе лежит крестильное имя Конон (от греческого «конос» — «конус» или, по другой версии, «трудящийся»). В православных святцах известен мученик Конон Исаврийский, почитаемый как покровитель садоводов и огородников. Фамилию образовали по распространённой украинской модели: к основе Конон- добавили суффикс -енко, который в XVI–XVII веках означал «маленький», «сын» или «потомок». Таким образом, Кононенко — это буквально «сын Конона» или «потомок Конона».

Интересно, что фамилия почти не встречается в центральной России, зато плотно закрепилась в украинских губерниях — Полтавской, Черниговской, Киевской. В реестрах запорожских казаков XVII века попадаются носители похожих фамилий, что указывает на возможную принадлежность предков к казацкому сословию. В отличие от русской формы Кононов, суффикс -енко придаёт фамилии более демократичный, крестьянско-казацкий оттенок.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Коно́ненко, хотя в бытовой речи встречается и вариант с ударением на последний слог. В украинском языке фамилия пишется через «о» во втором слоге (Кононенко), но в русской передаче иногда встречается искажённое написание с «а» — Кананеко, что говорит о неграмотной записи в паспортах или метриках.

Родственные фамилии — Кононов, Кононюк, Конончук — все восходят к тому же имени, но различаются по территории и социальной среде. Если Кононенко — типично украинская фамилия, то Кононов — русская дворянская или купеческая. Встречается и редкая белорусская форма Кононец.

В целом, фамилия Кононенко не несёт в себе загадки: это открытая книга, рассказывающая о предке по имени Конон, жившем, скорее всего, в Малороссии в XVII–XVIII веках.