Фамилия Кононеров — один из тех случаев, когда за привычным звучанием стоит не личное имя, а военная специальность. В основе лежит прозвище Канонер, восходящее к слову «канонир» — так в артиллерии называли рядового второго разряда, который стоял выше гандлангера, но ниже бомбардира. Именно канониры заряжали пушки, наводили прицел и стреляли; накат орудия на место, охлаждение и прочистку ствола после выстрела поручали солдатам низшего разряда. Прозвище, таким образом, относилось к числу «профессиональных» именований и прямо указывало на род занятий предка.

Фамилия закрепилась в форме Кононеров, а не Канонеров, из-за исторических изменений: чередование гласных а/о и и/е в народном произношении и при записи в документах — обычное дело. По той же причине исходное «канонир» превратилось в «кононер», а фамильный суффикс -ов добавил значение принадлежности: «сын Кононера».

Есть и другая версия: фамилия могла быть искусственной, присвоенной при призыве. Даже в 1914 году в военные части попадало множество молодых крестьян, не имевших фамилий, и чиновники нередко давали их по военной специальности новобранца. В пользу этой гипотезы говорит география: в Книге памяти Свердловской области записаны лесообъездчик Кононеров Анкудин Иванович (1891 года рождения) и столяр Кононеров Константин Савич (1886 года рождения). Оба жили в поселке Висимо-Шайтанск Нижне-Тагильского района — глухой уральский поселок, где артиллерийская фамилия выглядит скорее «кабинетной», чем унаследованной от настоящего пушкаря. Так или иначе, фамилия Кононеров прочно связана с артиллерийским делом, а её носители — потомки либо профессионального канонира, либо солдата, получившего прозвище при мобилизации.