Фамилия Кононерова образована от прозвища Кононер. В его основе лежит название нижнего артиллерийского чина канонера. Само же слово пришло в русский язык из французского (canonnier) через немецкий (Kanonier). Вероятно, такое прозвище получил военнослужащий, рядовой солдат артиллерии. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Кононер, со временем получил фамилию Кононерова.