Фамилия Кононеу — редкий случай, когда географический акцент ставит точку в споре о происхождении. Сразу бросается в глаза суффикс «-еу», который для русского уха звучит непривычно. В русской традиции фамилии на «-еу» почти не образуются: стандартная модель — Кононов (от Конон + -ов). А вот в молдавской и румынской ономастике суффикс «-еу» — один из самых распространённых патронимических показателей, аналог русского «-ов» или «-ин». Поэтому первая и основная версия: Кононеу — фамилия, сформировавшаяся на территории Молдавии или в среде молдавских переселенцев (в том числе в Причерноморье и на Кубани). Основа та же — каноническое имя Конон (от греческого «konon» — «работающий», «трудящийся»).

Вторая версия, более гипотетическая, — что «-еу» могло возникнуть из-за полонизации или украинского влияния, но для западнославянских языков типичнее окончания «-ук», «-юк», «-ович». Суффикс «-еу» — маркер именно романского языкового субстрата. Таким образом, предки носителя фамилии Кононеу, скорее всего, были выходцами из Бессарабии или исторической Молдавии, а их родоначальника звали Конон. Никаких указаний на дворянское происхождение или принадлежность к конкретному сословию эта модель не даёт — в Молдавском княжестве фамилии на «-еу» носили и крестьяне, и бояре, и духовенство. Социальный статус определялся не суффиксом, а контекстом рода.

Любопытно, что в русских документах эту фамилию могли записывать на слух, искажая окончание: встречаются варианты Кононеев, Кононеув, а иногда и Кононов — если переписчик «русифицировал» фамилию. Поэтому, если вы ищете корни, стоит проверять не только написание Кононеу, но и его фонетические дубли в метрических книгах XIX века по Бессарабской губернии.