Фамилия Кононено — редкий случай, когда украинская модель образования наложилась на просторечную форму канонического имени. В основе лежит имя Конон. Это греческое имя Konon (Κόνων) с не до конца ясной этимологией: его связывают то ли с «трудом» (konos), то ли с «краткостью» (koneo — «делать коротко»), но в православной традиции оно закрепилось благодаря нескольким святым, в том числе мученику Конону Исаврийскому. В русской и украинской среде имя давали в крестьянской и казачьей среде, причём часто — в просторечной форме Конон, без церковнославянского окончания.

Суффикс -ен-о — типично украинский патронимический показатель, указывающий на происхождение по отцу. В отличие от русского -ов/-ев или -ин, суффикс -ен-о (как в фамилиях Бондаренко, Шевченко) означает «сын такого-то». В данном случае Кононено буквально — «сын Конона». Такая фамилия закрепилась на территории Левобережной Украины, особенно в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, где была распространена казацкая старшина и крестьянство, бравшее фамилии по отцу.

Встречается и вариант Кононенко — с более привычным для украинской ономастики окончанием. Форма Кононено могла возникнуть как диалектная или как результат аканья в устной речи, когда безударное «о» редуцировалось, а на письме закрепилось в таком виде. Либо это результат адаптации фамилии в русскоязычной среде, где окончание -енко иногда упрощали до -ено.

Сословно носители фамилии Кононено в XIX веке — это в основном государственные крестьяне или казаки. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В метрических книгах и ревизских сказках фамилия встречается редко, что делает её ценной для генеалогического поиска: она не потерялась в массе однофамильцев, а сохранила локальную привязку.

Если вы ищете свои корни, стоит обратить внимание на северные районы Черниговщины и прилегающие земли Курской губернии — именно там, по данным переписей, фиксировались Кононено. Исходное имя Конон в этой местности было популярно до середины XIX века, так что родословная может уходить вглубь на 5–6 поколений, в конец XVIII столетия.