Фамилия Кононенковы — это не просто отсылка к имени предка, а целая цепочка родства, зашифрованная в одном слове. Она образована как отчество второго порядка: Кононенков буквально означает «сын Кононенко», то есть внук человека по имени Конон. Такая модель (основа на -енко + суффикс -ов) характерна для фамилий, которые складывались на стыке украинской и русской традиций: сначала на юге фиксировали отчество Кононенко («малый Конон»), а при переселении в великорусские губернии к нему добавляли типичный русский суффикс -ов, подгоняя под местную норму.

Имя Конон — греческое, от слова «конос» (труд, работа), поэтому его значение обычно передают как «трудящийся» или «трудолюбивый». В святцах оно закрепилось благодаря нескольким раннехристианским святым, в том числе мученику Конону Исаврийскому, которого почитали как покровителя огородников и садоводов. Это прикладное, «ремесленное» значение имени могло отразиться и на прозвище основателя рода: вполне вероятно, что первый Конон в семье был не просто носителем редкого церковного имени, а человеком, чей труд (земледельческий или строительный) выделял его среди соседей.

Географически фамилия Кононенковы тяготеет к южнорусским и украинским регионам, откуда в XVIII–XIX веках шла активная миграция крестьян и казаков на восток — в Поволжье, на Урал и в Сибирь. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, род ведётся от одного конкретного Конона, чьи потомки разошлись по разным волостям, сохранив двойную патронимическую метку.

Особенность фамилии — двойной суффикс (-енк + -ов), который в русской ономастике встречается реже, чем простые -ов или -ин. Такая конструкция показывает, что фамилия оформлялась уже после того, как на Украине сложилась форма Кононенко, и была адаптирована для русской документации. Это делает её памятником не только славянской письменности, но и живого языкового контакта между двумя ветвями восточных славян.