Фамилия Конопельнюк образована от прозвища Конопель. В основе лежит народное название растения — «конопель», то есть конопля. Прозвище относилось к «профессиональным» именованиям: предок мог заниматься выращиванием конопли, производством из неё ткани, пеньки или масла. Со временем прозвище закрепилось как наследственное имя и вытеснило прежнее родовое.

Особенность фамилии — украинский суффикс -юк, типичный для фамилий Подолья, Волыни и Полесья. Он указывает на принадлежность: «сын Конопеля» или «потомок того, кого прозвали Конопель». Такая модель образования (основа + -юк) активно использовалась в западноукраинских землях, что сужает географию фамилии. Встречается она и в соседних регионах Беларуси, но с меньшей частотой.

В отличие от более распространённых русских фамилий на -ов (Коноплёв), форма Конопельнюк сохранила исходную основу без смягчения и без суффикса принадлежности в виде притяжательного прилагательного. Это делает её более архаичной по словообразованию: прозвище не переделывали под великорусский стандарт, а оформили по местной модели.

Споров вокруг корня нет — он прозрачен и однозначен. Альтернативные версии (например, связь с фамилией Конопельский или с прозвищем от конопатый) не выдерживают критики, так как суффикс -юк прирастает только к личным прозвищам, а не к прилагательным или топонимам.