Фамилия Коноплянкин образована от прозвища или нецерковного имени Коноплянка. В основе лежит слово «конопля» (латинское Cannabis sativa). Скорее всего, Коноплянкой называли человека, который выращивал коноплю или занимался её обработкой — трепал, мочил, мял, получая пеньку. Это «профессиональное» прозвище, указывающее на род занятий предка, а не на его внешность или характер. Фамилии с суффиксом -ин (Коноплянк-ин) типичны для центральной России и образуются от основ на -а/-я, отвечая на вопрос «чей сын?»: сын Коноплянки — Коноплянкин.

Есть и другая версия: Коноплянка — это название птицы из семейства вьюрковых (коноплянка, или реполов), которая питается семенами конопли. В дохристианской традиции детям могли давать «птичьи» имена (Соловей, Воробей, Коноплянка), чтобы природа приняла ребёнка как своего и передала ему полезные качества — в данном случае лёгкость, певучесть или неприхотливость. Позже такое имя могло закрепиться как прозвище, а затем и как фамилия. Обе версии лингвистически равноправны, но первая — профессиональная — встречается в ономастике чаще, так как конопля была важной технической культурой в России вплоть до XX века.

Фамилия редкая, нечастотная. Встречается преимущественно в южнорусских и поволжских регионах, где коноплю сеяли активно. Однокоренные фамилии — Коноплёв, Коноплин, Коноплянников — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами, что указывает на разные локальные традиции словообразования.