Фамилия Коношенкин — редкий пример того, как простое имя обрастает сразу двумя суффиксами, каждый из которых что-то говорит о прошлом её носителей. В основе лежит имя Коноша — народная, разговорная форма канонического имени Конон (от греческого «конос» — трудящийся, или, по другой версии, «конон» — коротышка). Такие усечённые имена были в ходу в крестьянской и посадской среде: Коноша звучало проще и привычнее, чем полный Конон.

Суффикс -енк- в этой фамилии — украинского или южнорусского происхождения. В XVII–XVIII веках он указывал на «малого» или «сына»: Коношенко — значит «Коношин сын» или «младший Коноша». А вот конечное -ин — уже чисто русский притяжательный суффикс, который добавили при адаптации фамилии в северных или центральных губерниях. Коношенкин буквально означает: «чей? — из рода Коношенко». Такая двойная фамильная конструкция встречается нечасто и выдаёт миграцию: предки могли прийти с Украины или из южнорусских областей (Курская, Воронежская губернии) и осесть там, где фамилии переделывали на местный лад.

Географически фамилия привязана к Поволжью и восточным регионам. В дореволюционных метрических книгах Коношенкины встречаются в Саратовской, Самарской, а позже и в Оренбургской губерниях. Это логично: именно сюда в XIX веке переселялись крестьяне из малоземельных южных губерний. Сословно, скорее всего, это были государственные или бывшие помещичьи крестьяне — никаких следов дворянства или купечества в источниках не прослеживается.

Есть и более прозаическая версия происхождения — от прозвища Коноша, которое в некоторых говорах означало «упрямец» или «ворчун». Но она менее убедительна: слишком много однофамильцев образовано именно от имени Конон, а прозвищная основа давала бы другие суффиксы (Коношов, Коношихин). Так что с высокой долей вероятности первый Коношенкин был просто сыном человека по имени Коноша, а его потомки, переезжая, сохранили двойной суффикс как память о том, откуда они родом.