Фамилия Коношонкин — один из ярких примеров того, как простое крестильное имя обрастало суффиксами, превращаясь в сложную и редкую фамилию. В её основе лежит имя Конон (от греческого «труженик»), которое в русском быту давало множество производных форм: Коноша, Коношка, Коношонок. Последняя — Коношонок — это уменьшительно-ласкательное или, возможно, «молодёжное» прозвище (как «ребёнок Конона» или «маленький Конон»). Именно от него и пошла фамилия: суффикс -ин стандартно указывает на принадлежность — «чей?» — «Коношонкин» значит «сын Коношонка» или «человек из рода Коношонка».

Интересна география этой фамилии. Она почти не встречается в центральных областях России, зато плотно привязана к Русскому Северу, особенно к Архангельской области и бывшим землям Вологодчины. В переписных книгах XVII–XVIII веков на Севере часто фиксировали «двор Коношонка» или «Коношонковы дети». Это объясняется тем, что в северных говорах суффикс -онок (и его вариант -шонок) был особенно живуч и образовывал не только фамилии, но и уличные прозвища целых семей. Южнее, в московских землях, такое имя скорее превратилось бы в Кононов или Коношкин.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что в ней три суффикса подряд: -ш- (от Коноша), -онок- (уменьшительность) и -ин (притяжательность). Это редкость: большинство русских фамилий довольствуются одним или двумя. Такая конструкция говорит о том, что прозвище Коношонок было устойчивым и бытовало в живой речи как полноценное имя, а не просто случайное ласкательное обращение. Поэтому предки носителя фамилии, скорее всего, были не просто «Кононами», а именно «Коношонками» — возможно, младшим сыном в семье или человеком маленького роста, за которым закрепилось это прозвище.

Сословная принадлежность здесь стандартна для северных фамилий: крестьяне, реже — посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией не известно. Важно и то, что написание фамилии устойчивое: вариант «Коношенкин» встречается, но реже и считается ошибочным, так как основа — именно Коношонок, а не Коношенок. В документах XIX века фамилия фиксировалась в основном в Шенкурском и Холмогорском уездах Архангельской губернии, что подтверждает её северное происхождение.