Фамилия Коношенко — нечастая, но её происхождение прослеживается довольно уверенно, и ключ к разгадке лежит не в личном имени или прозвище, а в географической карте. В основе фамилии лежит название посёлка городского типа Коноша — административного центра Коношского района Архангельской области. Скорее всего, основатель рода Коношенко был родом именно из этих мест или же его предки переселились оттуда на юг, в украинские или южнорусские степи, где и получил распространение суффикс -енко (в значении «потомок выходца из Коноши»).

Название Коноша — древнее, дославянское. Этот край изначально заселяли угро-финские племена, и топонимика это подтверждает: реки и урочища здесь носят неславянские имена — Тавреньга, Вохтома и сама Коноша. Славяне начали осваивать эти земли лишь в конце первого тысячелетия нашей эры, продвигаясь на север не только за пушниной, но и спасаясь от татарских набегов, преследований после крестьянских восстаний и церковного раскола.

Современная история Коноши началась в 1898 году, когда на картах Российской империи появилась станция Коноша на только что проложенной железной дороге Вологда — Архангельск. Имя станции дала скромная речушка, протекавшая поблизости. До строительства дороги здесь шумела глухая тайга, а на месте будущего посёлка было болото.

Происхождение самого гидронима Коноша точно не установлено, но есть правдоподобная версия: оно восходит к финскому слову «konna» — «гад» (в зоологическом, а не бранном смысле). Возможно, в речке или рядом с ней водилось много змей или ящериц, что и закрепилось в названии.

Таким образом, фамилия Коношенко — это типичный пример топонимической фамилии, образованной по украинской модели с суффиксом -енко. Она означает «потомок человека из Коноши». Носители этой фамилии, скорее всего, ведут свой род от выходцев с Русского Севера, из архангельских земель, где когда-то смешались славянские и угро-финские корни.