Фамилия Коняхина образована от прозвища Коняха, которое в старину было весьма распространено. В основе прозвища лежит слово «конь» — домашнее животное, игравшее ключевую роль в крестьянском хозяйстве. Коняхой могли назвать человека, который ухаживал за лошадьми, был конюхом, или же того, кто отличался силой, выносливостью и трудолюбием, как рабочий конь. Существует и другая версия: имя Коняха могло быть народной формой церковного имени Конон. В переводе с греческого Конон означает «трудящийся, трудолюбивый», что полностью совпадает с народным восприятием образа коня-труженика. Таким образом, фамилия Коняхина могла закрепиться за потомками как человека с прозвищем, так и человека, носившего имя Конон.

Фамилия зафиксирована в форме Коняхина, что характерно для русских фамилий на -ин, образованных от основ, оканчивающихся на -а или -я. Модель «прозвище + суффикс -ин» указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Коняхи». Встречается и вариант Коняхин — для мужской линии. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, где было широко развито коневодство и где имя Конон встречалось чаще, чем на севере.

В социальном плане фамилия Коняхина, скорее всего, принадлежала крестьянскому или казачьему сословию: лошадь была основой крестьянского быта, а прозвище Коняха — бытовым и прямым, без претензии на знатность. Редкость фамилии делает её ценной для генеалогического поиска — она не «размыта» массовыми тёзками.