Фамилия Коняйчева — женская форма фамилии Коняйчев, и её происхождение напрямую связано с мужским личным именем или прозвищем Коняй. В основе лежит слово «конь», но не в прямом значении «лошадь», а в уменьшительно-ласкательной или прозвищной форме. В русских говорах «коняй» могли называть человека, который хорошо обращался с лошадьми, любил их или даже внешне напоминал коня — например, был долговязым или с крупными зубами. Однако есть и другая версия: имя Коняй могло быть производным от крестильного имени Конон (через народную форму Коня) или от древнерусского нецерковного имени-оберега, которым называли ребёнка, чтобы он рос сильным и выносливым, как конь.

Словообразовательная модель проста: к основе «Коняй» добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Коняйчев). Суффикс -ев типичен для русских фамилий, образованных от имён, прозвищ или профессий, оканчивающихся на -й. В данном случае он закрепился за потомками человека по прозвищу Коняй. Менее вероятно, но не исключено, что фамилия могла возникнуть от топонима — например, от названия деревни Коняево или Коняйково, которые встречаются в центральных и северных регионах России. В таком случае основатель рода носил бы фамилию по месту жительства, а не по прозвищу.

Фамилия Коняйчева — сравнительно редкая. Она не входит в списки массовых дворянских или купеческих фамилий, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. В XIX веке носители фамилии чаще всего встречались в Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерниях — регионах, где коневодство и крестьянское хозяйство были основой жизни. Именно там прозвище Коняй могло быть особенно понятным и распространённым. В современных справочниках фамилия фиксируется с ударением на второй слог — Коня́йчева, хотя в диалектах возможно смещение ударения на последний слог.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Коняев, Коняшкин, Конюхов — показывает, что все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами. Коняйчев стоит особняком: суффикс -ай (-яй) в русских прозвищах часто придавал оттенок ласкательности или иронии (ср. Гуляй, Бодай). Поэтому Коняй — это не просто «конюх», а скорее «конёк», «лошадка» — прозвище, которое могли дать маленькому, подвижному или упрямому человеку. Со временем это прозвище перешло в фамилию, сохранив память о характере или занятии предка.