Фамилия Конышева принадлежит к числу русских фамилий, в основе которых лежит тюркское слово. Скорее всего, она образована от имени Коныш. В тюркских языках это имя означает «остановка». Смысл такого имени был сугубо практическим: его давали ребёнку, родившемуся в многодетной семье, где появление новых детей уже не приветствовалось. Имя Коныш должно было символически «остановить» процесс деторождения. Это распространённый охранительный обычай у многих народов, и в русских фамилиях тюркского происхождения он встречается нередко.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с казахским прозвищем Коныш, которое переводится как «голенище» (часть сапога). В этом случае прозвище мог получить сапожник или человек, который чем-то напоминал голенище, — например, высокий и худой. Однако первая версия, с охранительным именем, выглядит убедительнее, так как подобные имена-обереги хорошо изучены ономастами.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Коныш добавился суффикс принадлежности -ев. Форма Конышева — это женский вариант, мужской — Конышев. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий согласный (в данном случае на «ш»).

Точное место и время возникновения рода Конышевых можно установить только с помощью углублённых генеалогических изысканий. Процесс формирования русских фамилий был длительным, и в разных регионах одна и та же фамилия могла закрепиться независимо друг от друга.