Фамилия Конышин — яркий пример того, как прозвище, данное одному человеку, закрепилось за целым родом. Её основа — слово «коныш». В русских говорах так называли коновала, то есть человека, который лечил лошадей. Дело это было не просто ремеслом, а целым искусством: коновалы знали травы, умели пускать кровь, править вывихи и заговаривать хворь. Прозвище Коныш получал либо сам мастер, либо человек, чем-то напоминавший его — скажем, коренастый и сильный, как лошадь, или, наоборот, суетливый и «конопатый». Вторая, менее распространённая версия, возводит «коныша» к уменьшительной форме имени Конон (в народном произношении — Коныш). Но версия с коновалом звучит убедительнее: прозвищные фамилии от названий профессий в России встречаются сплошь и рядом, а вот от редкого имени Конон чаще образовывали Кононов, а не Конышин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Конышин — буквально «сын Коныша» или «человек из семьи Коныша». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный или -а/-я. Морфология проста, но именно она и выдаёт народное, не книжное происхождение: фамилия сложилась в крестьянской или ремесленной среде, где прозвище было в ходу, а не в дворянских канцеляриях.

Географически фамилия Конышин тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается она нечасто, что тоже говорит в пользу прозвищного, а не «именитого» происхождения. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с такой фамилией в Вятке, Костроме, под Архангельском. Любопытно, что в тех же краях бытовала и фамилия Конышев — с другим суффиксом, но от того же корня. Конышины, скорее всего, были людьми служилыми или «чёрными» (тяглыми), но не помещиками: фамилия не попала в родословные книги дворянства.

Если ваш предок — Конышин, то с большой долей вероятности он был либо потомственным коновалом, либо крестьянином, получившим прозвище за какую-то особенность, связанную с лошадьми. Других версий, заслуживающих серьёзного внимания, у этой фамилии нет.