Фамилия Конышенко — типичный пример украинской фамилии, образованной по патронимической модели. Суффикс -енко указывает на происхождение от отца или предка: буквально «сын Коныша» или «потомок Коныша». Такие фамилии массово закрепились на Левобережной и Слободской Украине в XVII–XVIII веках, когда казацкая старшина и крестьяне переходили от прозвищ к наследственным именованиям.

Основа Коныш — это краткая разговорная форма от канонического имени Кондрат (через народный вариант Кондратий). В украинских говорах имя Кондрат нередко сокращалось до Конь, Конык, Коныш. Уменьшительный суффикс -ыш придавал ласкательный или бытовой оттенок: Конышем могли называть младшего в семье или подростка. По другой версии, Коныш — производное от Конон (греческое имя, означающее «трудящийся»), но связь с Кондратом встречается в источниках чаще.

Менее вероятно, что основа связана с конём. В украинском языке слово «кінь» дало фамилии вроде Коненко, Кононенко, но суффикс -ыш для прозвищ от животных нехарактерен. Если бы речь шла о коне, форма была бы Коненко или Коников, а не Конышенко.

Носители фамилии исторически сосредоточены в центральных и восточных областях Украины: Полтавщина, Черниговщина, Сумщина, а также в приграничных районах России (Белгородская, Курская области). В дореволюционных переписях Конышенко встречаются в основном среди казаков и государственных крестьян, реже — у мещан. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано.

Фамилия Конышенко — не самая распространённая, но устойчивая. Она сохранила архаичную форму имени, которая в быту давно вышла из употребления. Если ваш предок носил её, он, скорее всего, происходил из украинской крестьянской или казацкой среды, где имя Кондрат передавалось через уменьшительное прозвище, закрепившееся за целым родом.