Фамилия Конышина — женская форма фамилии Конышин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Коныша. В основе лежит слово «конь», но не в прямом значении «лошадь», а в переносном, характерном для северных и сибирских говоров. Там «конышом» или «коняшкой» называли не просто коня, а жеребёнка-сосунка, а иногда и вообще молодого, неопытного парня. Прозвище Коныша могли дать либо суетливому, резвому человеку, либо, наоборот, долговязому и нескладному подростку — в зависимости от местной интонации.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Конышин буквально означает «сын Коныши» или «из семьи Коныши». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или уменьшительных имён, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще связывают с полными формами имён или профессиями, -ин обычно цепляется к более «домашним», обиходным основам.

Интересно, что фамилия Конышин не так уж редка, но имеет отчётливую географическую привязку. По данным переписей и архивных записей, она наиболее характерна для Вологодской, Архангельской областей и Пермского края. Это косвенно подтверждает северное происхождение прозвища: именно в поморских и уральских говорах слово «коныш» употреблялось в указанном значении. На юге России, где преобладала тюркская лексика, такая фамилия встречается гораздо реже.

Есть и другая, менее вероятная версия: от канонического имени Конон (в просторечии Коныш). В этом случае фамилия восходит к церковному имени, но через народную переделку. Однако против этой гипотезы говорит то, что фамилии от Конона обычно выглядят как Кононов или Коношин, а не Конышин. Форма с «ы» вместо «о» — характерный признак именно прозвищного происхождения, где гласная не редуцируется, а сохраняется как в исходном диалектном слове.

Таким образом, носительница фамилии Конышина с большой вероятностью происходит из семьи, где предка когда-то прозвали Конышей — за молодость, резвость или долговязость. Никакого отношения к конюхам или коневодам эта фамилия не имеет, если только прозвище не было дано иронически.