Фамилия Копалышкина — женская форма фамилии Копалышкин. В основе её лежит не имя и не географическое название, а прозвище или профессия. Корень «копал» напрямую отсылает к глаголу «копать» и существительному «копалка» — орудию для копания, чаще всего примитивной лопате или заострённой палке. В русских говорах «копалкой» называли также мотыгу или кирку, а в некоторых регионах — даже человека, который копает землю (например, могильщика или землекопа).

Модель образования фамилии нестандартна. Суффикс -ышк- в русских фамилиях встречается редко. Он придаёт слову уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок: «копалышка» — это либо маленькая копалка (инструмент), либо человек, который копает много, но мелко или неумело. Фамилии на -ин (Копалышкин) указывают на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Копалышки. То есть фамилия буквально значит «потомок того, кого звали Копалышка».

Наиболее вероятная версия происхождения — профессиональное прозвище. В крестьянской среде, где земледелие было основным занятием, человека могли назвать Копалышкой за его работу в поле, за привычку копаться в земле или за то, что он делал и чинил копалки. Менее вероятна, но не исключена связь с названием места: в некоторых говорах «копалом» называли яму, а «копалышем» — небольшой овражек или выемку. Тогда прозвище мог получить человек, живший у такого оврага.

С географической точки зрения фамилия привязана к центральным и южным регионам России, особенно к бывшим Орловской, Курской, Тамбовской губерниям. Там слово «копалка» в значении «мотыга» было в ходу до середины XX века. Встречаются однокоренные фамилии: Копалов, Копалкин, Копалин. Среди них Копалышкин — самая редкая форма, сохранившая уменьшительный суффикс, который в других фамилиях этого корня почти не встречается.

Таким образом, предки носительницы фамилии Копалышкина с высокой долей вероятности были крестьянами-земледельцами, либо людьми, чья работа была связана с рытьём и обработкой земли. Фамилия не дворянская и не купеческая — она из народной гущи, где прозвище давали по делу, а не по знатности.