Фамилия Кордеконго — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, а основа звучит как сложное слово, которое можно разбить на две части: «корде» и «конго». Первая часть, «корде», скорее всего, восходит к итальянскому или испанскому corde — «верёвка, струна» (от латинского chorda). Вторая часть, «конго», указывает либо на африканскую реку и государство, либо на одноимённую породу собак. Таким образом, фамилия могла родиться как прозвище или родовое имя в среде, где пересекались европейские и колониальные реалии.

Самая правдоподобная версия — искусственное происхождение. Такие фамилии нередко давали в духовных семинариях или академиях, где будущим священникам придумывали звучные, книжные фамилии на латинский или греческий манер. «Кордеконго» могло означать что-то вроде «струна Конго» — возможно, намёк на миссионерскую деятельность в Африке или на музыкальный инструмент, привезённый оттуда. Семинаристы нередко получали фамилии по названиям экзотических стран, рек или растений, чтобы подчеркнуть широту познаний наставника.

Вторая версия, менее вероятная, — что фамилия возникла как прозвище в среде моряков или купцов, торговавших с Африкой. Человек мог получить прозвище Кордеконго за то, что привёз из Конго связку верёвок (cordes) или за особую манеру вязать узлы. Однако для русского быта XVIII–XIX веков такое прозвище — большая редкость, и документальных подтверждений нет.

С географической точки зрения, фамилия Кордеконго почти не встречается в современных российских справочниках. Единичные носители могли появиться в результате поздней эмиграции или как сознательная замена более простой фамилии на необычную. В любом случае, перед нами не типичная русская фамилия, а скорее книжный или искусственный конструкт, который говорит либо о семинарском прошлом предка, либо о семейной легенде, связанной с дальними странами.