Фамилия Кордоба — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. Скорее всего, перед нами топонимическая фамилия, восходящая к географическому названию Кордова. Это город в Испании, а также одноимённый город в Мексике и провинция в Аргентине. Если предки носителя фамилии были выходцами из этих мест, то фамилия закрепилась за ними по месту прежнего жительства. В русской среде такое могло произойти через несколько поколений: испанское или латиноамериканское имя превратилось в фамилию, которую записали на слух, возможно, с искажением — Кордоба вместо Кордова.

Однако есть и другая, менее очевидная, но более интересная для русского уха версия. Фамилия могла возникнуть на стыке культур, например, в среде донских казаков или черноморских греков. В тюркских языках есть слово «кордоба» (или близкое к нему «курдаба»), означающее «кривой», «горбатый», «согнутый». В этом случае фамилия образована от прозвища, которое дали человеку с характерной осанкой или изогнутым носом. Такое прозвище могли принести в Россию выходцы из Крыма, Кавказа или Османской империи, а затем оно обрусело, получив окончание -а, типичное для многих украинских и южнорусских фамилий.

Суффиксальная модель здесь нестандартная. В отличие от типичных русских фамилий на -ов/-ев или -ин, Кордоба не имеет патронимического суффикса. Это так называемая «застывшая» форма — фамилия осталась в виде чистой основы, что характерно для фамилий украинского, польского или южнославянского происхождения (сравните: Довгаль, Скоробогатько, Негреба). В русских переписях такие фамилии чаще встречались у однодворцев и казаков, чем у крестьян центральных губерний.

География бытования фамилии Кордоба в России и странах бывшего СССР очень узкая. Найти её можно в Краснодарском крае, Ростовской области и в Крыму — то есть в регионах с исторически смешанным населением, где оседали греки, армяне, болгары и выходцы из Османской империи. Попадаются единичные случаи в Западной Украине, что может указывать на польское или еврейское происхождение (топонимические фамилии по названиям городов были распространены у евреев-ашкеназов, хотя Кордова не входит в число типичных мест их расселения).

Спор между испанской и тюркской версией разрешается просто: если в родословной есть упоминания о предках-иностранцах или о переселении из южных портов — скорее всего, фамилия топонимическая. Если же фамилия встречается в среде русских или украинских крестьян без явных миграционных следов — версия с прозвищем «Кордоба» (кривой, горбатый) выглядит правдоподобнее. Оба варианта не противоречат друг другу: фамилия могла независимо возникнуть в разных семьях.