Фамилия Корнеенков — один из тех случаев, когда на слух ясно имя-основа, но способ её образования выдаёт нестандартную модель. В основе лежит крестильное имя Корней (от латинского cornelius — «рог» или, по другой версии, «рожок», «кизиловая ягода»). Однако большинство фамилий от этого имени образованы по простой схеме: Корнеев, Корнеевский, Корнейчук. Суффикс -енков указывает на иную, более редкую словообразовательную цепочку.

Здесь сработала модель, типичная для украинской и южнорусской ономастики: к основе на согласный добавляли суффикс -енк(о), который в русском языке при адаптации получил окончание -ов. То есть сначала возникло украинское или белорусское прозвище Корнеенко — «сын Корнея», «маленький Корней». Когда носитель этой фамилии переселялся в великорусские земли, местные писцы и дьяки переоформляли её по русскому образцу: Корнеенко превращалось в Корнеенков. Такая двойная фамилия — явный маркер миграции: предки Корнеенковых, скорее всего, вышли из чернозёмных губерний (Курской, Орловской, Воронежской) или с левобережной Украины.

С точки зрения сословной принадлежности фамилия не даёт однозначной подсказки. В документах XVIII–XIX веков Корнеенковы встречаются и среди государственных крестьян, и среди однодворцев, и в мещанских списках. Суффикс -ов указывает, что фамилия закрепилась в письменной форме не позднее первой половины XIX века — времени активной паспортизации крестьянского населения.

Интересно, что фамилия сохранила двойной корневой согласный: «нн» в Корнеенков — не опечатка, а результат стяжения: Корней → Корнеенко → Корнеенков. В некоторых говорах фамилию произносили как «Корне́нков», с выпадением одного «н», но в письменной традиции закрепился полный вариант. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Корнеенков стоит особняком: Корнеев — типичная великорусская фамилия от той же основы, а Корнеенко — украинская. Наличие суффикса -енков как раз и выдает пограничную, переходную зону расселения предков.

В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия встречается редко, сосредоточена в основном в Центральной России и Поволжье — это подтверждает версию о миграции с юго-запада на северо-восток.