Фамилия Корненков — пример того, как русская модель фамилии на -ов наложилась на украинский или южнорусский суффикс -енко. В основе лежит прозвище Корень. Сначала появилось патронимическое имя Корненко («сын Корня»), а затем, при переселении носителей в великорусские земли, фамилию «обрусили» окончанием -ов, подогнав под привычную модель. Так Корненко стал Корненковым.

Само прозвище Корень могло возникнуть по разным причинам. Проще всего предположить связь с земледелием или садоводством — предка могли назвать по его занятию, например, за умение выращивать растения или работать с корнеплодами. Но в народной речи «корень» имел и переносный смысл: так говорили о человеке крепком, основательном, упрямом, которого трудно сдвинуть с места. В этом случае прозвище отражало характер — «коренастый» и непреклонный.

Словообразовательная цепочка здесь прозрачна: прозвище Корень → патроним Корненко (с суффиксом -енко, характерным для Левобережной Украины и юга России) → фамилия Корненков, где -ов — уже чисто русский формант, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Корненко). Аналогичным путём возникли, например, фамилии Павленков, Гриценков, Тимошенков — все они прошли ту же стадию «украинизации» с последующей русификацией.

Географически фамилия Корненков тяготеет к южным областям России, особенно к Курской, Белгородской и Воронежской, где издавна смешивались русское и украинское население. Встречается она и в донских казачьих списках. О дворянском происхождении носителей фамилии сведений нет — скорее всего, это крестьянский или мещанский род, чьи предки занимались сельским трудом.