Фамилия Корненко — яркий пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко. В XVII—XVIII веках этот суффикс был главным маркером «сына» или «потомка»: Корненко буквально означало «сын Корня» или «маленький Корень». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закреплялись за крестьянами после отмены крепостного права, фамилии на -енко изначально бытовали в среде казаков и мещан Левобережной Украины, Слобожанщины и юга России.

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Корень. В древнерусской традиции такие «растительные» имена (Корень, Трава, Дуб) давали не по внешности, а с пожеланием силы и устойчивости, как у дерева. Реже Корнем могли прозвать человека коренастого, приземистого или упрямого — того, кто «врос в землю». Есть и бытовая версия: в говорах «корень» означало не только часть растения, но и кошель, мошну, а также главу семьи или рода. Поэтому прозвище могло относиться к домовитому хозяину или скопидому.

Фамилия Корненко встречается в основном в центральных и восточных областях Украины, а также в приграничных регионах России — Курской, Белгородской, Воронежской областях. Это зона расселения украинского казачества и крестьян, переселявшихся в XVI—XVIII веках на «дикое поле». В метрических книгах XIX века Корненко нередко записаны как казаки или государственные крестьяне — сословия, которые не знали крепостного права, что отражалось на их самоощущении и фамильной традиции.

Словообразовательно фамилия прозрачна: усеченная основа «Корн-» (от «корень» с выпадением беглого гласного) плюс патронимический суффикс -енко. Ударение, как правило, падает на второй слог: Корне́нко. В русском языке встречается вариант с ударением на первый слог — Ко́рненко, но это уже вторичное обрусение, когда фамилию произносят по аналогии с русскими словами.

Редкость фамилии в том, что она сохранила архаичное нецерковное имя в чистом виде, без дополнительных суффиксов уменьшительности (как Кореньков или Коренев). Это указывает на раннюю фиксацию прозвища до его превращения в официальную фамилию. В реестрах запорожских казаков XVII века встречаются похожие одноосновные прозвища, но сама фамилия Корненко — продукт более позднего, уже фамильного этапа, когда сын Корня перестал быть просто сыном, а стал носителем родового имени.