Фамилия Корниленкова — женская форма от Корниленков, а та, в свою очередь, образована от имени или прозвища Корниленко. В основе лежит крестильное имя Корнилий (от латинского cornu — «рог»), которое в народной речи часто сокращали до Корнил или Корней. Суффикс -енко — типичный для украинской и южнорусской ономастики, он означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Корниленко — буквально «маленький Корнил» или «сын Корнила». Такая модель (имя + -енко) в XVII–XVIII веках была распространена в среде запорожских казаков и мещан Левобережной Украины, а затем закрепилась как фамилия.

Интересно, что фамилия сохранила редкий для русского слуха суффиксальный переход: от основы на мягкий согласный (-енко) в русском варианте появился суффикс -ов, характерный для великорусских фамилий. Так украинская модель «Корниленко» при переселении носителей в центральные или северные губернии России обросла типичным русским окончанием -ов, превратившись в Корниленков. Женский вариант Корниленкова — это уже чисто русская грамматическая форма, указывающая на принадлежность к роду или семье.

Географически фамилия тяготеет к Смоленской, Брянской и Калужской областям — зоне исторического смешения украинского и русского населения. Здесь прозвища на -енко легко приживались и адаптировались. В дореволюционных метрических книгах Корниленковы встречаются среди крестьян и однодворцев — потомков служилых людей, охранявших южные рубежи Московского государства.

Искать однокоренные варианты стоит в фамилиях Корнилов, Корнеев, Корнильев — все они от того же имени Корнилий, но образованы разными суффиксами. Разница в том, что Корниленков прямо указывает на родство через отчество, в то время как Корнилов — на прямую принадлежность «раб Корнила» (от краткой формы имени).